Русское название народа — селькупы утвердилось с 30-х годов XX века и восходит к самоназванию северных (тазовско-туруханских) селькупов - сёлькуп. Общего самоназвания у селькупов разных диалектно-территориальных групп нет, но все они называют себя аналогичными северноселькупскому именами, означающими «лесной человек»: (кетско-пумпокольские) сюссыкум, (среднеобские, выше Нарыма) шёшкум, (южные или верхнеобские и чайские) сюсёкы(й)кум, - или «земляной человек»: (нарымские, тымские, васюганские, парабельские) чумылькуп, (чулымские) тюйкум.

До 30-х годов XX века в русскоязычной литературе, а в западноевропейских странах и до сих пор известно другое название селькупов - остяко-самоеды, введённое в сер. XIX века финским путешественником и учёным Маттиасом Кастреном, который доказал, что селькупы в этническом и языковом отношении представляют собой отдельную общность, при этом, хотя по образу жизни и территориально они близки остякам (хантам), их язык родствен не остяцкому (хантыйскому), а самоедскому (ненецкому) языку. Близость к хантам (остякам) стала причиной появления старого русского названия селькупов  - остяки (с различными определениями типа нарымские, томские, тазовские и др.).

Впервые на страницы русских документов селькупы попадают в конце XVI века под именем сургутских и нарымских остяков. Они составляли основное населения Пегой Орды во главе с «князцом» Воней, располагавшейся в Сургутском или Нарымском Приобье. По-видимому, Пегая Орда сложилась - как и хантыйские и мансийские княжества - в "богатырскую эпоху", бурный период XIV-XVI веков, в ходе активной борьбы народов Западной Сибири (прежде всего - южнотаёжной зоны) с татарским Сибирским ханством и между собой, и достигшей своего пика с началом русской колонизации Сибири. Пегая Орда и ряд подобных ей военно-политических образований (княжество Бардака в Сургуте, Парабельский союз) объединяла большую часть селькупов на основной территории их обитания, охватывавшей в XVI веке район в Среднем и Верхнем Приобье от рек Аган и Вах на севере до реки Чая и устья реки Томь на юге - и от верхнего течения Кети на востоке до бассейнов Агана и Васюгана на западе.

Исследовательница этнической истории селькупов Галина Ивановна Пелих сумела реконструировать названия и ареалы основных территориально-племенных групп селькупов по состоянию на XVI век , которые сохранились - в виде сегодняшних территориальных групп или хотя бы в фольклорной памяти - и до нашего времени. По крайней мере четыре из этих групп уже в XVI веке жили в общем на тех же землях, где жили их потомки-селькупы в XIX-XX веках: тымско-нарымские чумылькупы (чумульгула у Г. И. Пелих), кетские сюссекумы (сюсигула), южные группы - шиешгула, локализуемые Г. И. Пелих на Оби у устья Чулыма, на Чае, Нюрольке и в верхнем течении Васюгана (по-видимому, предки среднеобских шёшкумов) и тегула, помещаемые в среднем течении Кети и между её устьем и устьем Чулыма (ссовременные чуйкум или тюйкум).

Селькупы — один из древнейших обитателей Нарымского Приобья — находились в тесных контактах с обскими уграми (хантами) на западе, с лесными ненцами и энцами на севере, с сибирскими татарами на юге и с кетами (и другими енисейскими народами) и тунгусами (эвенками) на востоке. В столкновении двигающихся с запада русских и сибирских татар хана Кучума селькупы Пегой Орды приняли сторону последних, и были разгромлены русскими и союзными им хантами в конце XVI - начале XVII века. По этой причине, а также из-за усиливающегося проникновение хантов в Сургутское Приобье после расчленения и фактического уничтожения в 1619 году Сургутского княжества (населённого если и не исключительно селькупами, то, в любом случае, доля селькупов в его населении должна была бы весьма значительной) селькупы начинают уходить со своих прежних земель по Агану, Ваху, Васюгану и Средней Оби и переселяются на север, в слабозаселённые районы верхнего и среднего течения реки Таз, на реку Турухан и их притоки. Ещё в XIX веке часть селькупского населения бассейна Таза называлась в русских документах «сургутскими людьми» или «сургутскими остяками». По-видимому, однако, большую часть этих переселенцев составляли сельгула, давшие название северной (тазовско-туруханской) группе селькупов.

Русскими документами остяки - выходцы из сургутско-нарымского Приобья - фиксируются на реке Таз, на землях карасинских и худосейских самоедов (лесные энцы) и кунных самоедов (лесные ненцы) с середины XVII века, когда селькупам удалось одержать ряд побед в столкновениях с лесными энцами. В миграции на север принимали также участие - судя по ономастике и этнографическим данным - селькупы с Кети, кеты и отчасти даже восточные ханты. В течение второй половины XVII - первой половины XVIII века селькупы продолжали освоение тазовско-туруханского региона, в ходе которого им пришлось в значительной мере модернизировать свой экономический и бытовой уклад в соответствии с более суровыми, чем на их прародине, природными условиями: растёт значение оленеводства, как таёжного, эвенкийского типа, так и тундрового, заимствованного у энцев и ненцев, и с переходом на более подвижный образ жизни (основным типом жилища становится вместо прежней бревенчатой землянки переносной чум, основным транспортным средством - наряду с традиционной лодкой - нарты). Успех селькупов в военных столкновениях, в освоении нового жизненного уклада, постоянный приток населения с юга привели к тому, что во второй половине XVIII века они становятся доминирующей группой на Тазе и на Турухане, постепенно ассимилируя как прежних жителей этих мест - лесных энцев, так и пришельцев - хантов, кетов, эвенков. Так к началу XIX века формируется крупнейшая на сегодняшний день диалектно-территориальная группа селькупов - северная или тазовско-туруханская, отделённая от южной группы (см. ниже) клином ваховских хантов, принадлежащая с начала XIX века к иным административным единицам и находившаяся в более тесных сношениях с соседними группами кетов, эвенков, хантов и лесных ненцев, чем со своими южными соплеменниками.

Что касается южных селькупов, то среди них с XVI века выделяются тымско-нарымские селькупы (чумылькупы), кетские (кетско-пумпокольские) селькупы (сюссекумы) и обские (сегодня - на Оби выше Нарыма, в районе города Колпашева) селькупы (шёшкумы). Такое деление в целом совпадает с диалектным членением селькупского языка, в котором сегодня помимо северного (тазовско-туруханского) диалекта выделяют центральный (тымский и нарымский говоры), кетский и южный (обский) диалекты. Крайне южные группы селькупов, жившие ещё в XVI-XIX веках на р. Чае, Чулыме, на Оби между устьями Чулыма и Томи, составляли, по данным Галины Пелих, территориально-племенное объединение пайгула, и были ассимилированы томскими татарами и русскими в XIX веке (ещё в 1960-е годы на Чулыме встречались старики, помнившие отдельные селькупские слова). Именно язык этих групп («крайне южный», по терминологии Евгения Хелимского, диалект селькупского языка) отражён в первых селькупских книгах, созданных православными миссионерами в конце XIX века.

Русские землепроходцы застали южных селькупов как охотников и рыболовов, но данные археологии и фольклора свидетельствуют о былом знакомстве селькупов с домашним скотоводством и земледелием на юге (Чулым, Чая, Томское Приобье); причём у обских селькупов ещё в конце XIX века сохранялось оленеводство таёжного типа (с использованием оленей как вьючных и верховых животных). С установлением русского господства в Западной Сибири происходит культурно-хозяйственная дифференциация разных групп южных (в широком смысле) селькупов: таёжное население на Тыме, Кети, Парабели, в Нарымском Приобье специализируется на пушной охоте и рыболовстве, а южные группы на Чае, Чулыме, в Томском Приобье осваивают (вероятно - вновь) скотоводство и земледелие, что, наряду с христианизацией, завершившейся в целом для селькупов к концу XVIII века, способствовало их ассимиляции русскими и татарами.

Общую численность селькупов в конце XIX века определить трудно (поскольку общее название «ханты» не позволяет отделить их, к примеру, от хантов), но по официальным данным переписи 1897 года их было, по подсчётам Галины Пелих, 5,8 тыс человек, однако эта цифра может быть завышенной (при этом число северных селькупов едва ли превышало тысячу человек). Территориальная разобщённость народа и значительные расхождения между отдельными диалектами привели к тому, что говорить о консолидации селькупского народа к концу XIX - началу XX века не приходится: не было даже общего самоназвания для всех селькупских групп, да и внешнее название остяко-самоеды, как было отмечено выше, также имеет чисто научное, литературное происхождение. По переписи 1926 года численность селькупов была около 6 тыс. человек: 1,5 тыс. северных и 4,5 тыс. южных, причём на юге шли быстрые ассимиляционные процессы (около 2,5 тыс. южных селькупов считали родным русский язык).

Столь сложное положение селькупского народа даже формально не улучшилось в ходе советских преобразований: селькупы оказались одним из немногих народов СССР, существование которого не было учтено при национально-административном делении страны. Большая часть северных селькупов оказалась разделённой между Ямало-Ненецким автономным округом Тюменской области и Туруханским районом Красноярского края, территории южных селькупов в основном вошли в состав Томской области. Не лучше обстояло дело и с селькупским языком: с 1933 года печаталась литература для начальной школы на тазовском диалекте, однако широкого распространения письменный язык даже у северных селькупов не получил. В начале 1950-х годов довоенный латинский алфавит был заменён кириллическим, что, естественно, не способствовало укреплению письменных традиций, и вскоре выпуск селькупской литературы был прекращён, а преподавание языка свёрнуто. Только в конце 1980-х годов вновь предпринимается попытка внедрения письма (на кириллической основе) и преподавания языка в начальной школе - как для северных, так и для южных (нарымских) селькупов.

По переписи 1989 года численность селькупов была 3,6 тыс. человек, из которых лишь 1,7 тыс. считали родным селькупский язык. При этом в Ямало-Ненецком округе жило 1,5 тыс. селькупов (эта цифра, очевидно, приблизительно отражает численность северных селькупов), из них 1,3 тыс. назвали родным селькупский язык, что даёт основания считать тазовский диалект селькупского языка ещё жизнеспособным. На долю же носителей южных селькупских диалектов сегодня, согласно этим данным, приходится не более четырёх сотен говорящих, и, видимо, ассимиляция южных селькупов зашла уже необратимо далеко.

u